一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症等の患者、無症状病原体保有者について医師の届出があった場合、都道府県知事は感染症を公衆にまん延させるおそれがある業務として感染症ごとに厚生労働省令で定められた業務（食品関係や接客業など）への就労制限を通知することができる（18条1項）。この通知を受けた場合には厚生労働省令で定める一定期間において就業が制限される（18条2項）。
都道府県知事は一類感染症のまん延を防止するため必要があると認めるときは、当該感染症の患者・保護者に対して医療機関（原則として特定感染症指定医療機関か第一種感染症指定医療機関）に入院を勧告することができる（19条1項）。この勧告を受けた者が勧告に従わないときは、当該勧告に係る患者を医療機関（原則として特定感染症指定医療機関か第一種感染症指定医療機関）に入院させることができる（19条3項）。これらの規定は二類感染症や新型インフルエンザ等感染症の患者についても準用されており（26条）、この場合の医療機関は原則として特定感染症指定医療機関、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関となる。
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都道府県知事は、一類感染症、二類感染症、三類感染症、四類感染症又は新型インフルエンザ等感染症などの発生を予防し、又はそのまん延を防止するため必要があると認めるときは次のような措置を講じることができる。
消毒（27条）
ねずみ・昆虫等の駆除（28条）
一類感染症、二類感染症、三類感染症、四類感染症を対象とする。
病原体に汚染され、又は汚染された疑いがある物件の移動の制限・禁止、消毒、廃棄（29条）
病原体に汚染され、又は汚染された疑いがある死体の移動の制限・禁止、火葬、埋葬（30条）
一類感染症、二類感染症、三類感染症、新型インフルエンザ等を対象とする。
感染症の病原体に汚染され、又は汚染された疑いがある水の使用・給水の制限・禁止（31条）
一類感染症、二類感染症、三類感染症を対象とする。
病原体に汚染され、又は汚染された疑いがある建物への立入りの制限・禁止、封鎖（32条）
一類感染症を対象とする。
交通の制限・遮断（33条）
一類感染症のまん延を防止するために緊急の必要がある場合を対象とする。